2002-03年度屬2001-04三年度撥款期的第二個財政年度，本年度出現虧絀1,400萬港元，大致上達到大學管理層就這個三年撥款期整筆撥款的財政規劃。大學繼續在維持其高質素教學及研究工作的同時，亦盡量把開支減低；根據大學教育資助委員會（教資會）的指引，本年度的虧絀將轉撥至教資會撥款結算賬，與2001-02年度所滾存的1,700萬港元盈餘並合結算。

一般收入及支出

本年度的一般收入為17.16億港元(2001-02年度為17.12億港元)。大學本年度的投資獲得可觀的回報(總額為3,100萬港元，2001-02年度則只有500萬港元)，然而，教資會跟隨政府按生活指數調低公務員薪金幅度，削減本年度的撥款，因而抵銷了投資收入帶來的增幅。本年度來自教資會的撥款總額為13.86億港元(2001-02年度為14.06億港元)，主要包括整筆撥款13.51億港元，餘下的3.3億港元則包括2.91億港元學費、雜費收入及上述3,100萬港元利息及投資回報。

本年度一般開支為17.29億港元(2001-02年度為16.95億港元)，增幅主要來自額外添置教研設備。包括教學及輔助部門開支12.25億港元(70.9%)、校舍保養費用2.62億港元(15.1%)、行政費用1.36億港元(7.8%)，以及其他開支1.06億港元(6.2%)。

指定撥款

本年度科大獲教資會提供指定用途撥款2.85億港元(2001-02年度為2.8億港元)，其中1.18億港元指定作研究之用，其餘1.29億港元為教職員所設之政府居所資助計劃。

建設撥款

本年度科大獲教資會提供的建設撥款為9,200萬港元(2001-02年度為9,300萬港元)，用於購置專用設備及興建可容納527名學生的新宿舍。

捐款、指定基金及其他營運基金

本年度的捐款及指定基金收入共有1.11億港元(2001-02年度為8,900萬港元)，其他由大學自行籌集的資金或由研究合約所得的營運收入為2.45億港元(2001-02年度為2.1億港元)。

截至2003年6月30日止，大學的捐款、指定基金及其他營運基金的總結餘是5.85億港元(2001-02年度為5.77億港元)。

儲備

截至2003年6月30日止，大學的儲備及備付金總額為7.92億港元(2001-02年度為7.77億港元)，其中6.32億港元(2001-02年度為6.3億港元)撥作一般及發展儲備。