本年度綜合營運盈餘為4.305億港元（去年為1,330萬港元），是科大成立至今最高紀錄。這大筆盈餘主要來自教資會等額補助金計劃下所籌得的款項，以及在校董會核准的新投資策略下，轉換投資組合而實現的投資收入。

綜合收入與開支
本年度的綜合收入為27.756億港元（去年為24.662億港元），其中18.968億港元（68.3%）來自政府補助，4.314億港元（15.5%）為學費及課程收費，1.209億港元（4.4%）為利息及投資收入，1.495億港元（5.4%）來自各界捐贈，1.339億港元（4.8%）為輔助服務收入，4,310萬港元（1.6%）為其他收入。

教資會在2003-04年度推出等額補助金計劃，科大為申請這個計劃的撥款共籌得1.4億港元（包括5,800萬港元留本基金），其中約1.3億港元成功獲得政府提供等額撥款。

投資收入大幅改善亦令本年度綜合收入顯著增加，2003-04年度為1.209億港元（去年為2,430萬港元）。

本年度的綜合開支為23.451億港元（去年為24.53億港元），包括學術及研究開支17.434億港元（74.3%），管理及一般事務開支1.235億港元（5.3%），校舍及有關費用3.56億港元（15.2%），其他開支1.222億港元（5.2%）。

教資會資助項目
政府的撥款中有18.387億港元（97%）來自教資會，包括13.497億港元整筆經常撥款及增補撥款，房屋、研究、建設工程、及政府退還差餉和地租共計3.584億港元，等額補助撥款為1.306億港元。

整筆經常撥款及來自學費及其他收入的總額為17.46億港元，教資會資助的經常開支為16.03億港元，這筆1.43億港元盈餘已轉撥至一般及發展儲備，截至2004年6月30日止，這個儲備賬項結餘為8.14億港元。

建設項目
香港賽馬會創新科技中心的建築工程即將展開。政府同意提供1.056億港元，相當於50%的建築成本，只要大學通過私人捐贈籌得配對款額；而香港賽馬會慈善信託基金已承諾捐贈一億港元。

會計實務
自2003-04年度起，大學採納教資會資助院校的一致建議，使用“香港公認會計原則” 編製《財務報表》，務求更符合國際標準及現代會計要求。2002-03年度《財務報表》已按該會計原則重編，以便與本年度報表作比較。